I documenti archiviati nel sistema possono essere assegnati, direttamente mediante le loro proprietà o manualmente, a commesse, progetti, prodotti o singoli componenti e cartelle (folder) in generale. Questo garantisce l'accesso diretto a qualsiasi tipo di documento venga richiesto durante le fasi di sviluppo del progetto o successive al rilascio dello stesso. La visualizzazione grafica delle relazioni tra i documenti viene realizzata mediante un browser grafico. L'organizzazione dei documenti in una struttura di prodotto, oppure l’associazione degli stessi ad un'altra struttura, può avvenire agevolmente mediante procedura di ‘drag & drop’, sia in copia che in trasferimento. L'associazione dei documenti a più folder non comporta alcuna duplicazione dei documenti stessi; PRO.FILE infatti associa ai folder desiderati semplicemente il link al file fisico, ossia i metadati di descrizione del file stesso.