La gestione degli utenti in PRO.FILE è realizzata mediante la definizione e l'aggiornamento continuo dei singoli utenti e gruppi di utenti in modo da riflettere perfettamente l'organizzazione aziendale in gruppi di lavoro o project team. L'accesso al database di PRO.FILE è regolato da un sistema proprietario di protezione che permette la definizione del profilo dell'utente e della sua password. Per ogni singolo utente, o per ogni gruppo di utenti, si possono definire i diritti di accesso e le azioni consentite nell'ambito dei singoli progetti, documenti e disegni, a seconda del loro stato di avanzamento lavori (stato di workflow).
Un accesso ai documenti archiviati in PRO.FILE non autorizzato o incontrollato non è possibile. Tutti i metadati definiti per la classificazione dei progetti, dei documenti e dei disegni sono gestiti dal database relazionale sul quale il sistema si appoggia. I dati sorgente, ossia i file fisici, sono invece archiviati in una cassaforte elettronica (electronic vault) di PRO.FILE, un'area protetta della rete di computer aziendale. Per la protezione e l'affidabilità dell'archivio, PRO.FILE utilizza le metodologie in standard RAID / NAS / SAN dei principali fornitori di hardware e software. E' possibile inserire  Fileserver PRO.FILE distribuiti (Archive Server multisite) e/o replicare (Cache server) sia matadati memorizzati nel database relazionale, che l'electronic vault.